Aus der Mega Manga Convention (auch MMC-Berlin oder kurz MMC genannt), die im Jahr 2002 erstmals veranstaltet wurde. Im Jahr 2004 wurde von den Veranstaltern der AniMaCo angefragt ob sie eine eigene Veranstaltung mit dem Namen AniMaCo anstelle der MMC veranstalten dürften, da die Organisation der MMC zu diesen Zeitpunkt aus persönlichen Gründen keine weitere Veranstaltung planen konnten. Seitdem finden beide Veranstaltung abwechselnd jedes Jahr statt. Mit mehr als 2000 Besuchern (2006) sind die AniMaCo und die Mega Manga Convention, neben der AnimagiC in Bonn und der Connichi in Kassel, die drittgrößte Anime-Convention in Deutschland. 2008 erreichte sie mit knapp 3500 Besuchern einen neuen Besucherrekord.
Das Programm der AniMaCo und der Mega Manga Convention setzt sich unter anderem aus Showgruppen, B&B-Stand, Händlerraum, Go- und TDC-Bereich, Zeichnern und Workshops zusammen. Neben zahlreichen Bühnen-Auftritten und stand immer wieder ein umfangreicher Cosplay-Wettbewerb statt. Bekannte Darsteller waren unter anderen der japanische Opernsänger Tōru Tanabe sowie der Abschiedsauftritt der Showgruppe Nansensu. So berichtete auch die Botschaft von Japan über dieses Ereignis.[4] Mit diesem Programm richtet sich die Convention vorrangig an ein Publikum im Alter von etwa 15 bis 25 Jahren. Die Teilnehmer stammen dabei aus allen Teilen Deutschlands